所得税の必要経費に算入する租税公課については、原則としてその年の12/31までに申告等により納付額が確定した金額とされています。
よって、例えば調査によって消費税を過去の年度分も遡って追加で支払う必要が発生したとしても、あくまでも経費として算入できるのはその修正申告を提出した年度になります。
例：25年～27年の税務調査で消費税の追徴税額100発生
→25～27年の必要経費ではなく、
修正申告を提出した日の属する年度にまとめて100を必要経費とする
なお事業税については、申告ではなく賦課決定されるものですので、追加の納税額が賦課決定された日の年度に経費処理することになります。
また、法人成り等で個人事業を廃業した後に税務調査があって、消費税等を追加で納付しなければならなくなった時は、所得税法63条の規定により、廃業年度の必要経費とすることができます。