加算税について平成28年度税制改正により、大きく変更される点があります。
※平成29年1月1日以降に法定申告期限が到来する国税について適用されます。
個人の所得税であればＨ28年分からです。
現行では、
「調査を行う旨、調査対象税目及び調査対象期間の通知以後、かつ、
その調査があることにより更正又は決定があるべきことを予知する前にされた
修正申告に基づく過少申告加算税」はかからないこととされています。
すなわち、税務署から「調査にいきます」と事前通知されたとしても、
実際に着手されるまでの間に修正申告を提出すれば、加算税は賦課されませんでした。
ただし、今回の改正によってこのような場合でも5％（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は10%）が賦課されるようになります。
なお、税務署から事前通知を受ける前にされた修正申告については、従来通り加算税はかかりません。
ほかに、重加算税もしくは無申告加算税が課される場合に、その課される税目について5年以内に同じく重加算税もしくは無申告加算税が課されたことがあるなら、通常の加算税の比率に10％がプラスされることになりました。
詳しくは以下リンクを参照ください
http://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2016/28taikou_06.htm