育児や病気で会社を長期間休む時、
税金はどうなっているのか心配だと思います。
結論からいうと、年末時点で会社を辞めていない時は、
全く心配する必要はありません。
会社が通常の社員と同じように年末調整を実施してくれます。
よって通常は払いすぎた源泉所得税の一部が給与口座に還ってくることになります。
もちろん、通常の社員が作成するような年末調整用の届け出は必要です。
（保険料控除申告書等）
会社から郵送されてくるので記載して必ず提出するようにしてください。
なお、年末時点で退職している場合は自分で翌年以降に確定申告が必要です（退職した翌年の1/1から可能）。というより、申告するとお金が通常還ってくるので、することを強くおすすめします。
この場合、退職するまでに受けた給与に関する源泉徴収票を会社から入手した上で、
自分で申告書を作成するか、税務署に行くようにしてください。
（生命保険料や年金、社会保険料など自分で納付しているものがあればその納付額が分かる証明書が必要です）。
ちなみに、休業中に得た育児休業給付金等は非課税ですので税金はかかりません。
御留意ください。